సుబ్రహ్మణ్య షష్ఠి రోజున భక్తులు తెల్లవారే లేచి తలంటు స్నానమాచరించి పాలు, పంచదారలతో నిండిన కావిడలను ధరించి సుబ్రహ్మణ్య స్వామికి సమర్పిస్తారు. దేవాలయాలను దర్శించి భక్తిశ్రద్ధలతో అష్టోత్తర శతనామాల పూజలు చేస్తారు. భక్తులు కావడిలతో తెచ్చిన పంచదార, పాలను స్వామికి సమర్పించుకుంటారు. అయితే ఈ కావడిలోని వస్తువులు భక్తుల మొక్కుల బట్టి ఉంటాయి. ముఖ్యంగా ఈ ఆచారం తమిళనాడులో విశేషంగా ఆచరణలో ఉన్నది.
స్కంద షష్టి నాడు శ్రీ వల్లి దేవసేన సమేత సుబ్రహ్మణ్యస్వామి కళ్యాణం నిర్వహిస్తారు. అవివాహితులు ఈ కళ్యాణం వీక్షిస్తే ఆటంకాలు తొలగి వివాహాలు జరుగుతాయి.. అంతేకాదు సత్సంతానం కలుగుతుందని పెద్దలు చెబుతున్నారు. విశిష్టమైన ఈ రోజు సుబ్రహ్మణ్య స్వామి పూజ చేసినా, కావడి సమర్ఫించినా సత్సంతాన ప్రాప్తి చేకూరుతుంది. ఈ రోజు పుట్టలో పాలు పోస్తే సర్పదోషాలు తొలగిపోతాయని విశ్వాసం. స్కంద షష్ఠి నాడు సుబ్రహ్మణ్యస్వామి కళ్యాణం జరిపించే భక్తులకు సకలశుభాలు కలుగుతాయని ప్రతీతి.
పరమశివుని దివ్యతేజస్సు వాయుదేవునిలో ప్రవేశింపబడి తిరిగి వాయుదేవుడు అగ్నిలో ప్రవేశింపజేశాడు. అగ్ని కూడా శివతేజస్సును తాళలేక గంగానదిలో విడిచిపెట్టగా రుద్రతేజం ప్రవాహంలో వెళ్లి వనంలో (శరవనం) చిక్కుకొని ఆరు ముఖాలు (షణ్ముఖాలు) పన్నెండు చేతులతో ఓ బాలుడు జన్మించాడు. అతడే సుబ్రహ్మణ్యస్వామి లేదా కుమార స్వామి. కుమారస్వామిని దేవతలు తమ సేనాధిపతిని చేశారు.
కుమారస్వామి తారకాసురుడితో ఆరు రోజుల పాటు భీకర యుద్ధం చేసి వధించాడు. లోకాన్ని, దేవతలను కాపాడి అందరి మన్ననలు పొందిన సుబ్రహ్మణ్యస్వామి దేవసేనాపతిగా కీర్తింపబడ్డారు. ఆ రోజునే స్కంధ షష్ఠిగా జరుపుకుంటారు. జాతకంలో కుజ దోషం, కాలసర్పదోషంచే సకాలంలో వివాహం కానివారు వల్లీ దేవసేనా సమేత సుబ్రహ్మణ్యస్వామి కళ్యాణాలను ఈ షష్ఠినాడు చేయటం మంచిదని ఆధ్యాత్మిక పండితులు చెప్తున్నారు.