భారత్, పాకిస్థాన్ దేశాల మధ్య జరిగిన కార్గిల్ యుద్ధానికి కారణమైన వారిలో ముషారఫ్ కూడా ఒకరు. ఇండోపాక్ సరిహద్దుల్లోని సియాచిన్ ప్రాంతంలో భారత్ పట్టు సాధించడాన్ని ఆయన జీర్ణించుకోలేక పోయారు. అందుకే ఆయన కార్గిల్ చొరబాటుకు 1988-89 మధ్య కాలంలో అప్పటి ప్రధాని బెనజీర్ భుట్టోకు ప్రతిపాదించారు. బెనజీర్ భుట్టోతో ముషారఫ్ అత్యంత సన్నిహితుడుగా మెలిగేవారు. 1992-95 మధ్య పాక్-అమెరికా మధ్య జరిగిన అనేక ఉన్నత స్థాయి సమావేశాల్లో భుట్టోతో కలిసి ముషారఫ్ కూడా పాల్గొన్నారు. ఆ చొరవతోనే కార్గిల్ చొరబాటు ప్రతిపాదన చేశారు. అయితే, యుద్ధ పరిణామాలపై భయంతో భుట్టో దీనిపై వెనక్కి తగ్గారు.
ఆ తర్వాత కూడా ముషారఫ్ మాత్రం అంత తేలిగ్గా ఈ విషయాన్ని వదిలిపెట్టలేదు. 1999 మార్చి నుంచి మే మధ్య కార్గిల్ ప్రాంతంలోకి రహస్యంగా పాక్ సైన్యాన్ని జొప్పించారు. ఈ విషయాన్ని భారత్ గుర్తించడంతో రెండు దేశాల మధ్య పూర్తి స్థాయి యుద్ధం మొదలైంది. అయితే, ఈ విషయం అప్పటి ప్రధాని నవాజ్ షరీఫ్కు తెలియకపోవడం గమనార్హం. కార్గిల్ యుద్ధ సమయంలో నాటి భారత ప్రధాని వాజ్పేయీ.. షరీఫ్కు ఫోన్ చేస్తే యుద్ధం గురించి తనకేమీ తెలియదని అన్నారు.
నిజానికి ముషారఫ్ సైన్యాధిపతి కావడానికి కారణం మాజీ ప్రధాని నవాజ్ షరీఫే. చీఫ్ ఆఫ్ ఆర్మీ స్టాఫ్గా ఉన్న జనరల్ కరామత్కు, ప్రధాని షరీఫ్కు మధ్య విభేదాలు రావడంతో ఆయనను పదవి నుంచి తొలగించాలని షరీఫ్ సర్కారు నిర్ణయించింది. ఆ సమయంలో ముషారఫ్కు సాయుధ బలగాలతో పాటు పౌరుల్లోనూ మంచి పేరుంది. దీంతో షరీఫ్ వ్యక్తిగతంగా ముషారఫ్కు ఫోర్ స్టార్ జనరల్గా పదోన్నతి కల్పించి చీఫ్ ఆఫ్ ఆర్మీ స్టాఫ్, జాయింట్ చీఫ్స్ ఆఫ్ స్టాఫ్ ఛైర్మన్గా నియమించారు.
అయితే కార్గిల్ యుద్ధంతో ముషారఫ్, షరీఫ్ మధ్య విభేదాలు మొదలయ్యాయి. ముషారఫ్ను పదవి నుంచి తొలగించి ఆయన బాధ్యతలను ఖ్వాజా జియాయుద్దీన్కు అప్పగించాలని షరీఫ్ నిర్ణయించుకున్నారు. ఈ విషయం తెలియగానే ఆగ్రహానికి గురైన ముషారఫ్ 1999 అక్టోబరులో సైనిక తిరుగుబాటు చేసి షరీఫ్ను గద్దెదింపారు. దేశంలో సైనిక పాలన విధించి అధికారాన్ని హస్తగతం చేసుకున్నారు. షరీఫ్ను గృహ నిర్బంధం చేసి ఆ తర్వాత అరెస్టు చేశారు.