ఇస్రోకు చెందిన కీలక రహస్యాలను నంబినారాయణన్, ఆయన తోటి సైంటిస్టులు డి.శివకుమార్, మరో నలుగురు కలిసి పాక్ కు అమ్ముకున్నారంటూ ఆరోపణలు నమోదయ్యాయి. దీంతో ఆయన్ను అరెస్టు చేశారు. 50 రోజులపాటు జైల్లో ఉన్నారు. కేసును విచారించిన సుప్రీంకోర్టు నంబినారాయణన్ ను నిర్దోషిగా ప్రకటించింది.
నంబినారాయణన్ పై ఆరోపణలను 1998లో కొట్టేసింది. నంబినారాయణన్ ను అకారణంగా అరెస్టు చేశారని, చిత్రహింసలపాలు చేశారని సుప్రీంకోర్టు తెలిపింది. జైలు నుంచి బయటకు వచ్చిన నారాయణన్ కు కేంద్రం పద్మభూషణ్ అవార్డును కూడా అందజేసి సత్కరించింది.
అయితే జైలు జీవితం సందర్భంగా కస్టడీలో పోలీసులు తనను, శారీరకంగా, మానసికంగా హింసించారని ఆరోపించడమేకాక బలవంతంగా తనతో తప్పుడు ప్రకటనలు చేయించారని ఆరోపిస్తూ నారాయణన్ సుప్రీంకోర్టును ఆశ్రయించారు. కేసు పరిశీలించిన కోర్టు 1.3 కోట్ల పరిహారం చెల్లించాలని కేరళ ప్రభుత్వాన్ని ఆదేశించింది.