ఆయన తండ్రి కృష్ణబిహారి వాజ్పేయి. తల్లి కమలాదేవి. ఈ దంపతులకు ఇద్దరు ఆడపిల్లల తర్వాత వాజ్పేయి జన్మించారు. ఆయన తర్వాత ఒక ఆడపిల్ల, మరో ఇద్దరు మగపిల్లలు జన్మించారు. వాజ్పేయి తండ్రి స్కూల్ టీచర్, మంచి కవి కూడా. ఆయన తాతగారి హయాంలో ఉత్తరప్రదేశ్లోని బటేశ్వర్ గ్రామం నుంచి వీరి కుటుంబం మధ్యప్రదేశ్లోని గ్వాలియర్కు వలస వచ్చింది.
వాజ్పేయి సోదరులు, సోదరీమణుల్లో ఎవ్వరూ బయటి ప్రపంచానికి తెలీదు. అవధ్, ప్రేమ్, సుధా బిహారీ వాజ్పేయి అనే ముగ్గురు సోదరులు కాగా, ఊర్మిళ మిశ్రా, కమలాదేవి, విమల మిశ్రా అనే ముగ్గురు అక్కలు ఉన్నారు.
ఇక, ఆయన ఆజన్మ బ్రహ్మచారిగానే జీవించారు. తన ప్రియురాలి రాజ్కుమారి కౌల్ కుమార్తె నమిత భట్టాచార్యను అటల్ బిహారీ వాజ్పేయి దత్తత తీసుకున్నారు. నమిత కుమార్తె నీహారిక(నేహా) అంటే వాజ్పేయికి ప్రాణం. తాతయ్య లేరన్న చేదు నిజాన్ని నేహా జీర్ణించుకోలేక పోతోంది.